考虑之后，钱谦益给吴瑛两个选择。
一个是杖责三十大板，然后在陈家银产剩余三万两中拨出三百两给吴瑛当生活经费，让她自己选择居住地点，改嫁他人或独身都可以，留在南京也可。
另一个选择是免去三十杖责，回到松江华亭,为陈宗裕守寡并照顾幼儿，陈家银产三万两除了分配给陈家其他族人和儿女之外，剩余三千两给她。
吴瑛没有丝毫犹豫，立刻选择第一个。
至此吴昌时主谋的纵火案、行刺案算是基本了结。
钱谦益的重心也完全转移到对南直隶战时新政措施的监督落实上。
崇祯二年，二月二十六日。
阮大铖被抓回到南京。
他在桐城和怀宁交界处躲藏了一阵，终究还是被人告发，给抓获归案,又押解往南京了。
不过一到南京，正好碰上钱谦益把几件大案审完，罪魁祸首是吴昌时，和阮大铖无关。
阮大铖自然无罪释放，他对钱谦益感激涕零。
向钱谦益毛遂自荐，愿意为钱谦益此行任务出谋划策，提供各种支援。
此时凌濛初也回来了，他在南直隶有代表性的几个府考察，主要是淮安府、扬州府、苏州府、常州府、徽州府。
此时也到南京，向钱谦益报告。
和北方相比，南直隶各府推行战时新政确实进度慢了许多，力度也弱了许多。