在原作的第一部快要完结时，主角团们会知道一个，对于他们来说极其残酷的，有关整个世界的真相。
从来就没有所谓的宽恕和原谅，人类始终是赤与蓝之神的弃民，盖亚教廷对当年所述的一切全是谎言。
七贤者的死因并不是自裁谢罪，实际上他们从未向神灵屈服过，如今的人世间都是他们奋战的结果。
所谓的神造之神赫尔梅斯，实际上是一种类似高达机甲的巨型构物，由黑白使徒作为其核心操控它进行灭世。
在当年那场千年灭世之中，负责操控赫尔梅斯的白翼使徒伊丽丝，在关键时刻被七贤者之首伊扎克成功策反。
他们联合起来袭击了黑翼使徒伊邪丽丝，虽然没有将她彻底消灭，但也成功斩断半边翅膀，导致黑翼使徒陨落。
随着白翼使徒被策反，并导致了黑翼使徒的陨落，神造之神赫尔梅斯终于停止，赤与蓝之神授意的灭世也无果而终。
之后七贤者与白翼使徒继续联合，让白翼使徒伊丽丝假扮为现世神盖亚，编造了如今盖亚教廷的宣传口径。
但他们确实终止了假学的传播，因为说到底使徒并不是主人，无法真正的操控神造之神赫尔梅斯。
如果让假学继续在世界传播，黑雾污染的面积持续不断扩大，那么就会有新的黑白使徒诞生，操控赫尔梅斯完成那未完成的灭世。
所以七贤者主导成立的盖亚教廷，才以一种一刀切的方式，将旧日假学的一切给尽数埋葬。
还在盖亚教廷之上成立秘密的内院，他们清楚千年灭世时发生的许多真相，职责就是在七贤者都不在以后，继续领导这个世界埋葬假学。
白翼使徒伊丽丝的寿命并非无限，当她死后由提前培养的复制人，继续扮演现世神盖亚的角色，于是真相就这么被一代代的隐瞒与传递下去。
然而等到系列的第二部时，新一批主角团们才会在不断的冒险中，知道了真相背后的真相。
赤与蓝之神并非是世界的创造者，他们是从外星降临而来的侵略者，这个世界真正的神灵是所谓“绿之神”。