可是雅加达方面这天也在为国内同时出现的两大袭击事件乱作一团，根本无暇他顾。5月11号巴厘岛大爆炸后一天，印尼国内分离主义最严重的两个地区——亚齐省和东帝汶省同时爆发了多宗袭击当地军警的严重事件。印尼亚齐省是荷兰统治印尼时，殖民者唯一没能全部占领的地区。当地经济落后但民风彪悍，反抗外来统治者的意志十分坚定。
二战后，被日本人赶跑的荷兰人还企图重新将印尼归入自己的版图，1945-1949年新生的印尼共和国和荷兰殖民者进行了长达四年的**战争，亚齐是首先完全**的地区。因此亚齐人对自己的**地位非常自豪。印尼**后亚齐虽然自愿加入了印尼联邦，但这些年亚齐内部的**意识逐渐抬头，印尼中央政府只好对该地区采取恩威并举的措施。一边宣布亚齐为高度自治地区，一边派遣大批军警进入亚齐，大力镇压该地的**倾向，而亚齐当地的武装反抗也愈加激烈，其中最出名的一支**派别武装就是“自由亚齐运动”。
东帝汶的问题则更加复杂，1975年之前东帝汶都是葡萄牙殖民地和托管地，可以说除了和印尼的西帝汶省接壤外，二者间并没有直接关系。二战后世界民族**运动兴起，加上葡萄牙国力衰弱，无暇顾及它在东方的这块殖民地，东帝汶趁机宣布**，这其中**武装中比较有代表性的是东帝汶**革命阵线（简称革阵）。
1975年11月革阵宣布**，12月印尼就趁机出兵占领了东帝汶。印尼这种趁火打劫的行为受到国际社会和联合国的一致谴责，但当时的执政者苏哈托沉醉在开疆拓土的荣誉中，他又正处在军事强人执政的顶峰，于是顶住压力强占了东帝汶达20年之久。不过甫**就又被占领的东帝汶如何肯低头，境内的**运动此起彼伏，印尼军方不得不每年布置大量的部队在那里进行军事管制。
5月12日本来是普拉博沃预定对印尼爪哇岛、棉兰岛等处华人聚集区动手的日子，谁料到这天拂晓，亚齐和东帝汶这两处位于印尼一东一西国家两端的外岛同时传来发生了袭击军警的噩耗。亚齐省比地亚一向是“自由亚齐运动”游击队活跃的地区，印尼军方在这里常年驻扎着一个营的兵力，这天凌晨，一支进入茂密丛林中巡逻的50多人队伍突然和营部失去了联系，从最后步话机里传来的声音判断，应该是受到了伏击。还没等军方从震惊中恢复过来派兵支援，营区所在的周围就响起了密集的枪炮声。
虽然从枪声中军方判断对方使用了十几种枪枝，其中不少还是二战中使用的老古董，明显是老对手“自由亚齐运动”的游击队。对方军事素质很低，子弹大部分打空，但和往常不同的是，这次枪声中居然还夹杂着一发发火箭炮！一时间竟把印尼正规军队压在营地里抬不起头来！等军方组织好反击火力后，对方一阵哨声立即撤退的无影无踪。憋了一肚子火的印尼军队冲进密林中搜索时，只找回失踪的五十多名军人的残骸。最令人生畏的是他们的人头全部被砍了下来，高高的吊在树枝上震慑着印尼军方！
远在印尼西部的东帝汶发生的情况大同小异，当时此地的另一处军营也在凌晨时分，人的警戒心下降的最厉害的时段里，熟睡的士兵被密集的炮火永远让他们沉睡了。与“自由亚齐运动”只会用火箭炮骚扰攻击不同。“革阵”使用大名鼎鼎的63式107毫米火箭炮的水平明显高了一大截。印尼军方万万没有想到一向缺枪少弹的“革阵”居然有这种深受世界各国游击队都喜爱的面打击武器，一番火箭炮覆盖打击之下，印尼军方被打的猝不及防，整个军营一片狼藉。
随后“革阵”更是利用几辆装了14.5毫米机枪的皮卡车在军营外四下游走，轮番向军营内射击，印尼军方居然在长达两个小时里无法组织起有效的还击。等“革阵”呼啸而去他们事后盘点发现这次死伤惨重，一百多名士兵丧生，一大批军用物资被摧毁，被外界称为历年来印尼军方和“革阵”武装交手中损失最惨重的一次。
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