袁崇焕有在辽东作战的经历，让他军政一把抓，应该能够胜任。
对于黔国公沐启元暴卒案的处置，朱由检看到沐启元是被他的母亲宋夫人毒死后，猜到沐启元暴卒的责任主要就在于他自己——
虎毒尚不食子，若非沐启元的作为有可能为沐家带来灾难，他母亲又何必毒死他？
理清这个思路，朱由检对朱燮元、袁崇焕、徐本高三人处置了涉案的云南巡抚和巡按，同样比较满意。
沐启元的事情闹到这个地步，云南巡抚的责任逃不掉。和沐启元对立的云南巡按余珹，就是为了安抚黔国公沐家，也得把他拿下来——
毕竟朝廷让御史监察地方，可没说要把地方大员逼反。余珹作为巡按御史，手段上必有不当之处，不然沐启元不会非要杀了他。
朱由检从这件事中，更是看出了巡按御史的职权太大、插手的地方太多，以至有些越权：
『沐启元再怎么说也是以黔国公担任总兵，犯错应该由赞理军务的巡抚处置。』
『余珹作为巡按御史，擅动一镇总兵，险些酿成大乱。就算他出发点是好的，手段也太粗糙。』
『若非宋夫人明白事理，对沐启元果断处置，云南就有大乱。』
对余珹很是不满，对云南巡抚谢存仁，朱由检也觉得他不称职。治下发生了这么大的事情，他这个云南巡抚竟然好似脱身在外。
这让朱由检觉得，谢存仁没有担当，不堪担任巡抚。
对宋夫人果断处置沐启元，朱由检则很满意。在询问身边的太监，得知宋夫人出自西宁侯宋家后，朱由检道：
“宋家教女有方，待西南那边的奏疏传来后，给宋家送去一柄如意做赏赐。”
“还有告诉皇后，让她同样准备些物品，赏给宋家内眷。”