南司房是负责锦衣卫内部的机构，是朱由检改革卫所制的尝试。
但是锦衣卫作为皇帝的耳目，怎么可能只需要做好内部管理呢？
在将南镇抚司改为南司房之后，朱由检又对锦衣卫最重要的对外机构北镇抚司进行调整：
“北镇抚司专理诏狱职责不变，以后改为刑狱司，仍旧独立办公。”
“刑狱司设狱政处、理刑处、侦查处、教育处、卫生处等部门，要全面改善形象，不要再酷刑杀人。”
“卫生处负责诏狱的医疗卫生工作，以后诏狱的卫生状况要不定期检查。犯人若是死亡，要查清楚原因、追究相关责任。死刑由大理寺复核，不得在诏狱妄杀。”
“教育处负责犯人的文化需求，诏狱的犯人大多是官员，要让他们接受教育，认识到自己的错误。如果有人想写什么，也可以让他们写，审查后再做处理。”
“侦查处负责侦查狱内案件、排查安全隐患，防止有人在狱内作案。如果有犯人提供新证据、新线索，也要即使联系侦缉总队进行侦查，酌情优待犯人。”
“理刑处负责刑狱惩罚，尽量使用关禁闭等非肉体惩罚，不得随意伤残犯人肢体，不得长时间连续惩罚。卫生处要定期对犯人体检，查看伤病情况，追究伤病原因。”
“狱政处负责犯人管理，罪犯收押、释放、探视、移交等等，都归狱政处负责。”
“最后再设个办公室，负责刑狱司的公文、档案、财务等日常事务。”
设置好了部门，朱由检又吩咐道：
“南司房把这些记下来，人事厅负责诏狱编制调整。让刘侨尽快上任，对诏狱进行整顿。”
“尤其是要查清诏狱情况，把不该由诏狱羁押的罪犯，全部移交刑部和大理寺，不要一直放在诏狱里。”
“诏狱要全面清理，彻底清查旧案，该杀头的就杀头，该流放的就流放，争取把诏狱完全清空，打扫整修一遍。”