“设置军事情报司简称军情司，负责军事情报。军情司要配合保密司做好军事保密，并监督各地卫所、军队动向，防止有人非法调动军队。文武官员和勋贵涉及军事的，军情司也可监督。军情司下设测绘厅、舆图室，专门绘制地图，包括地形、地貌、历年气候，以及军队驻扎地点、驻防关隘、己方和敌方可行军的路线，水运、海运航道，历年水文信息等；战略情报厅，负责根据情报分析敌人战略意图和可能战斗方向，掩盖己方战略意图，做好战略欺骗；战术情报厅，分析敌人战术、己方战术，针对性提出建议；战役情报厅，搜集战役战斗信息，分析具体交战情况，核实军功；装备情报厅，分析敌人装备、己方装备，提出装备建议；边防情报厅，负责边疆防御情报，分析外敌和可能产生的外敌，交给对外情报机构。”
“设置对外情报司简称外情司，专门针对外敌，搜集外敌的一切信息。目前主要针对后金、草原、朝鲜以及长城沿线，收集他们的人口、钱粮、物价、地理等公开信息，以及军队编制、士兵数量、高层将领、军队调动、后勤状况等机密信息。同时负责收集西域、南洋和海外各国的公开情报，以后还要派出武官出使。”
“设置对内情报司简称内情司，专门针对内敌，搜集各地民乱、叛乱等内部敌人信息，搜集有实力叛乱的土司、地方大族、流民聚集点信息，防止他们造反。涉及到谋逆造反的案件，内情司都可以参与，其他部门配合。如果有谋逆案件未察觉，内情司要担责。”
“设置官员贵族情报司简称官情司，专门针对官员贵族等有品级的人员。尤其是正三品以上文官和总兵以上武将，他们的同族、同乡、同年、亲戚、好友等关系网络，都要探查出来。各地藩王宗室动向、勋贵动向和关系网络，也由官情司负责。以公开信息为主，必要时可派出间谍，查探机密信息。”
“设置秘密情报司简称密谍司，负责秘密情报。密谍一厅负责培训间谍人员，配合各部门需要安插专业间谍。密谍二厅负责自主安插间谍，长时间静默、只负责重大情报。密谍三厅负责在敌人内部秘密发展间谍，做好策反工作。密谍四厅负责间谍工作改进，采用单线联络、加密通讯等方法，尽量保障谍报人员安全，确保不会因为间谍人员背叛，对谍报工作造成重大损失。”
“设置反间谍情报司简称反谍司，负责反间谍工作。配合保密司做好保密，打击为敌人服务的间谍。对涉及机密信息的可疑人员进行监视，尤其是外国使者商人，以及和外国有经济贸易等利益往来、可能泄露情报的人员。”
“设置经济技术情报司简称经情司，负责收集经济贸易情报和各行业技术情报，下设农业厅、工业厅、矿业厅、商业厅、钱法厅等部门，打击经济犯罪，尤其是制造假币和非法集资、非法开设银行钱庄等行为，发现后提交给相关部门处置。”
“设置舆论情报司简称舆情司，负责查探舆情民意，以及各种思想动向，尤其是集会结社、宗教传播、祥瑞灾异、谶纬民谣等情况。凡是传播量达到五百次的信息，都要注意搜集，分析源头和传播动向，并根据危害性决定是否用其它信息混淆舆论、或者让行动部门羁押人员阻断信息传播。舆情司要秘密发行一些报刊书籍，暗中引导舆论。”
一口气设置了十个司，甚至还直接设置了下属的厅，朱由检最后嘱咐道：
“其它没涉及到或新出现的情报工作，暂时由北司房情报中心负责，以后分配给各情报司或新设情报司。”
“情报中心负责收集、整理各方情报，及时传送御前。”
“每日早晚都要有情报简报送达，根据重要性排列先后。”
“如果朕做出批示，要进行重点侦查和后续追踪。”
“每月还要进行情报汇总，把一些可以小范围公开的情报传给朝堂大臣。”
这个命令，还有之前设立的那些情报司，让锦衣卫的高层认识到：以后的锦衣卫主要工作，要从诏狱转向情报。