护军使的地位和巡抚相当，而且皇帝明确把辽东巡抚的民政事务交给了辽东护军使，群臣自然按巡抚的规格推选。
因为护军使是军职，由兵部提出候选人。兵部尚书袁可立道：
“宁前兵备毕自肃，政绩卓异，熟悉辽东事务。”
“前任辽东巡抚喻安性，因为辽东巡抚被裁撤冠带闲住。”
“前任户部侍郎董应举，曾经理天津至山海屯务，成效斐然。”
“三人皆可担任辽东护军使。”
朱由检对这几人都不熟悉，觉得没有什么不可。当即就下令道：
“喻安性、董应举起复，列入巡抚、侍郎候选。”
“辽东护军使，从他们三人中廷推。”
群臣思索一番，觉得辽东有这么多改变，要留个熟悉事务的人。廷推宁前兵备毕自肃，担任辽东护军使。
毕自肃是万历四十四年进士，也是毕自严的弟弟。想着毕自严进京主持户部后，能和他更好配合，朱由检下令道：
“辽东护军使一职，由毕自肃担任。”
“其所任宁前兵备以后不设，改为护军都尉代替，由辽东护军使直辖。”
“辽东有几个武进士？挑选他们担任护军都尉，辅佐护军使毕自肃。”
群臣面面相觑，不怎么愿意让武进士进入护军体系。