整顿辽东将门事关重大，朱由检担心有人泄密，让低品级的官员和内侍退出去，只留下几个记录的起居注。
又让参加会议的锦衣卫百户、辽东卫尉署都尉骆养性巡视武英殿周围，朱由检嘱咐孙承宗道：
“孙卿去辽东督师，第一件事就是清理辽东拥兵自重的议和派——”
“不能让他们养寇自重，拿着朝廷的饷银，一直和后金僵持下去。”
想到祖大寿历史上在大明和后金之间反复横跳，朱由检觉得此人一定和后金有联系，说不定还有什么秘密协议，又说道：
“袁崇焕遣僧吊祭、借机议和的事情，辽东一定有人配合，而且和建虏存在联系。”
“孙卿要把这条线挖出来，以此为突破口，整顿辽东将门。”
群臣闻言失色，终于明白了皇帝为何让其他官员退出去。
这分明是怀疑辽东那边有奸细，所以辽东战事，才会僵持下去。
就连认为袁崇焕辱国非计的袁可立，也没有想到这一层，立即向皇帝道：
“陛下不当随意怀疑大臣！”
“若是传扬出去，辽东局面危矣！”
朱由检摆了摆手，说道：
“若是有人通敌，暴露出来是好事。”
“若是没有人通敌，辽东不会因为朕几句话生乱。”