再加上内廷的原有关系要打乱，人员也要精简，这让朱由检下决心把它们打乱重组，明确权责归属：
“惜薪司、混堂司、宝钞司、银作局、兵仗局、盔甲厂、王恭厂，归内府监兼管。”
“钟鼓司、更鼓房、刻漏房、弹子房，归御用监兼管。”
“浣衣局、巾帽局、针工局、内织染局、织染所、篦头房，归尚衣监兼管。”
“酒醋面局、司苑局、甜食房，归尚膳监兼管。”
“灵台、道经厂、汉经厂改称佛经厂、番经厂改称西经厂，归司礼监兼管。”
把四司八局和其它衙门划归各监兼管，朱由检担心又遗漏，询问刘若愚道：
“还有什么衙门，没有确定归属？”
刘若愚一边记着，一边盘算了一遍，说道：
“还有御药房、御茶房、御酒房、安乐堂、内安乐堂、净乐堂、西山陵坟、猫儿房、牲口房、花房等衙门。”
朱由检微微点头，说道：
“御药房、御茶房、御酒房，由乾清宫管事司房，兼任御用监提督太监。”
“安乐堂、内安乐堂是给宫人治病，归御药房兼管。”
“净乐堂、西山陵坟负责宫人丧葬，归内官监兼管。”
“御药房、御茶房、御酒房相互监督，还有监督御用监、尚膳监、尚衣监职责，凡是送到御前的，都要仔细查验。”