特意留下这三房，直接让身边人掌管。朱由检对自己的安全，可谓慎之又慎。
其它衙门，朱由检让刘若愚调整时具体处理。像猫儿房那样的玩物就归入御用监，牲口房归入御马监，洗帛厂归入尚衣监，园果厂和花房归入尚膳监。不能有一处遗漏，都要确定负责人。
然后就是外差，派遣到宫外的镇守太监、宫门的掌门官等，仍是司礼监负责——
内廷其它衙门管不到的事情，都由司礼监管。
至于宫内的女官，六局的职权早已被交给宦官，只存尚宝四司，朱由检没有改变。
只是以魏忠贤和客氏谋逆的事情，强调宫正司要和都知监一起纠正宫中陋习，像是对食、菜户这样的事情，以后在宫中决不允许。
宫女没有品级的，到了一定年龄就放出宫，另外选人替代。不能让太监和宫女合谋，在宫中盘根错节。
这样一来，内廷衙门就大致理顺了。有司礼监、御马监、都知监、内官监、御用监五监被朱由检重用，尚膳监、尚衣监两监相对重用。
还有司设监、尚宝监、印绶监、神宫监、直殿监五监，仍是原本模样。
增设的内府监朱由检不打算全用宦官，和上林苑监、锦衣卫监、钦天监一样，兼用宫外人员。
内府监负责工业商业财务，上林苑监负责农业土地屯田，锦衣卫监负责情报侍卫，钦天监负责天文历法。
这些监合在一起，并称内廷十六监。细分为宫内十二监、宫外四监。
四司八局虽然仍旧存在，却沦为附属衙门。十二监四司八局并称二十四衙门的旧事，自然不复存在。
确定这些衙门之后，朱由检又正式设置官职，下令道：
“各监设掌印太监一员，负责总掌事务。”